Pielęgnowanie jest to szereg czynności stosowanych po to aby roślina lepiej rosła. Początkowo cytryna nie przypomina rośliny ponieważ jest twarda pestką, jednak nawet wtedy wymaga niewielkich zabiegów czyli czynności. Po pierwsze należy pamiętać o wymianie wody i uzupełnianiu jej objętości. Pestka ma to do siebie ze chłonie wodę a jedyną możliwością by uzyskać z niej drzewko owocowe jest utrzymywanie jej właśnie w środowisku wodnym. Brak wody mógłby spowodować nadmierne wysuszenie pestki. Najwięcej pielęgnacji cytryna potrzebuje gdy już przeszła z pestki w roślinę. Pielęgnowanie w tym wypadku wiąże się przede wszystkim z regularnym podlewaniem, usuwaniem chwastów i zapewnieniem odpowiedniej temperatury. pielęgnowanie jest niezwykle istotna czynnością ponieważ pozwala uzyskać w późniejszym czasie piękne plony. Drzewko cytrynowe w zasadzie nie różni się od innych roślin dlatego nie poturbuje specjalnego traktowania, jednak każda czynność na jego rzecz opłaci się ładniejszymi plonami.