Pojemnik jest naczyniem w którym będziemy przechowywać nasiona. Wybierając pojemnik należy pamiętać o tym aby był on przede wszystkim szczelny. Na pojemnik dla pestek cytryny nie można w żadnym wypadku wybrać doniczki, która ma otwory w dnie. Pojemnik musi być zabezpieczony ponieważ początkowo będzie w nim znajdowała się wyłącznie woda. Jako pojemnika najlepiej jest użyć słoika.. pojemnik dla cytryn nie może być otwarty. Górna jego część jest owinięta gazą, czyli rodzajem cienkiego bandaża. Gaza jest stosowna po to aby oddzielać pestkę do wody. Pestka nie może być całkowicie zanurzona tylko delikatnie ma sięgać tafli wody aby napęczniała. Solki jest tu najlepszym rozwiązaniem również ze względu na to ze jest przezroczysty i z łatwością możemy obserwować ile wody ubyło z pojemnika. Pojemnik taki należy również ustawić w odpowiednim miejscu. Cytryna wymaga ciepła dlatego najlepszym rozwiązaniem jest ułożenie pojemnika na oknie tak aby docierały do niego promienie słoneczne